W maju 1939 r. zaczął tworzyć, w porozumieniu z dowództwem niemieckim, jednostkę wojskową – tzw. Legion Ukraiński, którego był formalnym dowódcą. 15 września 1939 r. wyruszył z Wiednia na front w Galicji Wschodniej, celem jego wyjazdu był najprawdopodobniej konieczność zawrócenia legionistów ukraińskich za San, z powodu mającej nastąpić agresji sowieckiej. Legion Ukraiński doszedł do Stryja (wtedy działania wojenne zostały wstrzymane), a następnie zawrócił na zachód. W proteście przeciwko takiemu potraktowaniu ukraińskiego sojusznika przez Niemców Suszko zrzekł się dowództwa nad Legionem.
W roku 1939 w sporze w OUN opowiedział się po stronie Andrija Melnyka. W latach 1939–1941 mieszkał w Krakowie, działając jako przewodniczący OUN na teren Generalnego Gubernatorstwa. Był przeciwnikiem rozłamu w OUN w 1940, i pozostał wierny Andrijowi Melnykowi. Przyczynił się do powstania Ukraińskiego Komitetu Centralnego, członek delegacji, która udała się w tej sprawie do generalnego gubernatora Hansa Franka.