Św. Rupert został pierwszym biskupem Salzburga oraz nadał miastu nazwę „Salzburg”, co oznacza „Zamek Solny”. Doceniał rolę i wartość soli, która – sprowadzana drogą wodną (rzeką Salzach) z kopalń w położonym niedaleko Hallein – stała się głównym przedmiotem handlu w mieście.
Pod koniec XIV wieku Salzburg uzyskał niezależność od Bawarii. Stał się siedzibą arcybiskupstwa Świętego Cesarstwa Rzymskiego, a po jego sekularyzacji był stolicą Elektoratu Salzburga w latach 1803–1805.
W 1805 r. Salzburg, wraz z Berchtesgaden, został przyłączony do Cesarstwa Austrii.
W 1809 r. obszar Salzburga został ponownie przyłączony do Królestwa Bawarii po przegranej Austrii pod Deutsch-Wagram.
Podczas Kongresu Wiedeńskiego w 1815 Salzburg został ostatecznie przyznany Austrii, natomiast Rupertigau i Berchtesgaden zostały przekazane Bawarii.
Podczas II wojny światowej znajdował się tutaj obóz koncentracyjny. Podczas bombardowania wojsk alianckich zniszczono 7600 domów i zabito 550 mieszkańców. Chociaż uszkodzone zostały most oraz kopuła katedry, większość budynków architektury barokowej zachowała się. Salzburg jest jednym z niewielu miast o tak jednolitym charakterze architektonicznym.