W latach 90. zaczął stopniowo odchodzić od sprzętu analogowego, coraz częściej tworząc muzykę za pomocą komputera. Albumy z tego okresu jego działalności, takie jak „Pulse Demon” czy „Venerology”, są uznawane za najbardziej ekstremalne dzieła nie tylko Merzbow, ale i muzyki w ogóle.

Oprócz różnych odmian noise’u tworzy także muzykę ambientową oraz muzyczne tło do pokazów bondage. Dyskografia Merzbow liczy ponad 200 pozycji, co czyni go jednym z najbardziej płodnych muzyków na świecie.

Oprócz dzieł autorskich, udzielał się w niezliczonej ilości projektów, wśród których na największą uwagę zasługują płyty nagrane ze Zbigniewem Karkowskim (dwupłytowy album „MAZK”), Mikiem Pattonem („She”), niemieckim zespołem karaoke Ladybird oraz wokalistą grindcore’owego zespołu Gore Beyond Necropsy. Obecnie jest uznawany za jednego z najważniejszych muzyków noise’owych i awangardowych.

Wybrana dyskografia Merzbuta – 2005 An Anthology of Noise & Electronic Music. Third A-chronology. 1952-2004 / Vol.