Paxtakor do dziś pozostał czołowym klubem Uzbekistanu i seryjnie zdobywa mistrzostwa kraju.
W 1993 poprzez głosowanie zdecydowano o przystąpieniu niepodległego Uzbekistanu do Piłkarskiej Federacji Azji (AFC). Najpierw był członkiem asocjacyjnym, a w 1994 oficjalnie przystąpił do AFC oraz FIFA. Chociaż Federacja Piłkarska Uzbekistanu została przyjęta do FIFA i AFC w 1994 roku, reprezentacja Uzbekistanu mogła grać mecze międzynarodowe pod auspicjami FIFA od 1992 roku. W 2000 roku futsalowa reprezentacja Uzbekistanu zajęła 2. miejsce w mistrzostwach Azji, a w 2002 roku reprezentacja młodzieżowa (under 20) wywalczyła prawo startu w mistrzostwach świata.
W rozgrywkach 1. ligi Uzbekistanu (Oliy Liga) uczestniczy 16 drużyn, natomiast w 2.lidze gra 15 drużyn.
Do roku 2009 Uzbecki Związek Piłki Nożnej sterował wszystkimi rozgrywkami piłki nożnej, w tym turniejami reprezentacji i mistrzostw Uzbekistanu. Ale w 2009 roku w Uzbekistanie została stworzona inna organizacja piłkarska – Profesjonalna Liga Futbolu Uzbekistanu (PFL Uzbekistanu), która rozpoczęła zarządzać i kontrolować Mistrzostwa Uzbekistanu, pozostawiając Federacji Piłki Nożnej kontrolować jedynie narodowe reprezentacje Uzbekistanu różnych kategorii wiekowych.