Lata 50. XX w. były nasycone represjami okresu stalinowskiego. W sfingowanych procesach skazano bezpodstawnie stu pięćdziesięciu marynarzy, z czego ponad 20 zostało straconych (między innymi komandorzy Stanisław Mieszkowski, Jerzy Staniewicz, czy Zbigniew Przybyszewski za udział w rzekomym spisku komandorów). W więzieniu zmarł kontradmirał Adam Mohuczy, a wielu oficerom – w tym kontradmirałowi Włodzimierzowi Steyerowi, czy też komandor Bolesławowi Romanowskiemu i komandor porucznik Franciszkowi Dąbrowskiemu – zabroniono przebywania na wybrzeżuMON: Historia MW, PRL..
W czasach Układu Warszawskiego Marynarka Wojenna przygotowywała się do operacji desantowej na Półwyspie Jutlandzkim, w związku z czym masowo wcielano okręty desantowe, uzupełnione o rozbudowane siły lekkie w postaci kutrów torpedowych, rakietowych oraz trałowców. Do trzonu floty zaliczały się także niszczyciele i okręty podwodne oraz samoloty myśliwskie i śmigłowce zwalczania okrętów podwodnych. Kolejne generacje uzbrojenia stanowiły jednostki pływające i statki powietrzne radzieckiej lub polskiej produkcji.