Duży wpływ na jej formację duchową miała nauczycielka Anastazja Kotowicz.

Zofia była dobrą uczennicą, jednak jej słabe zdrowie zmusiło ją do przerwania nauki. W wieku 16 lat zagrożona chorobą płuc wyjechała na rok do Szwajcarii w towarzystwie Anastazji. Kontemplacja przyrody miała duży wpływ na jej życie duchowe, rozmiłowała się w modlitwie. Pobyt w Szwajcarii wzmocnił jej siły fizyczne i duchowe, jednak po powrocie do Warszawy nie wróciła już na pensję. Uczyła się sama, często korzystając z prywatnej biblioteki ojca, pogłębiając swą wiedzę i znajomość języków obcych, zwłaszcza francuskiego. Równocześnie rodzice powierzyli jej opiece młodsze rodzeństwo.

Już w młodzieńczych latach Zofia zapragnęła poświęcić swe życie na służbę Bogu. Jej myśli kierowały się w stronę klasztoru sióstr wizytek. Rodzice nie pozwolili jej jednak na wstąpienie do zakonu, chociaż jej postawę cechowała głęboka pobożność i umiłowanie modlitwy oraz wrażliwość na nędzę innych. Na przeszkodzie stanął również wyjazd z chorym ojcem do Salzbrunn. Po skończonej kuracji oboje zwiedzili Kolonię w Niemczech. Tam, w gotyckiej katedrze, Zofia ponownie rozeznała swoje powołanie: zrozumiała, że Bóg nie powołuje jej do zostania wizytką.