Również w 1990 roku na zaproszenie dyrekcji Irackiego Departamentu Starożytności prace archeologiczne przeprowadziła polska misja Centrum Archeologii Śródziemnomorskiej Uniwersytetu Warszawskiego pod kierunkiem prof. Michała Gawlikowskiego. Prace miały miejsce w południowo-wschodniej części miasta. Odsłonięte pozostałości murów, pochodzących z I wieku n.e. zostały prześledzone na dystansie ok. 200 m za pomocą sondaży. Zadokumentowano też ok. 500 m długości odcinek murów obronnych z II–III wieku n.e. Badania te nie były kontynuowane z powodu wybuchu I wojny w Zatoce Perskiej.
W 2003 r. podczas działań wojennych, ze złupionego Muzeum Narodowego w Bagdadzie skradziono wiele cennych zabytków pochodzących z Hatry, i wywieziono za granicęO plądrowaniu Hatry i innych miejsc:..
Prace w Hatrze prowadzą także Włosi z uniwersytetu w Turynie. Początkowo pracami kierowała profesor Roberta Venco-Ricciardi. Obecnie są prowadzone prace nad skatalogowaniem i konserwacją posągów hatreńskich w Muzeum w Bagdadzie.