Budowa twierdzy związana była z założeniem przez kanclerza i hetmana wielkiego koronnego Jana Zamoyskiego nowego miasta – Zamościa na terenie dawnej wsi Skokówka w rozwidleniu rzek Wieprzec (obecnie Topornica) i Kalinowicy (obecnie Łabuńka), prawego dopływu Wieprza. W akcie lokacyjnym wydanym 3 kwietnia 1580 roku w Jarosławcu nowe miasto nazwano „Zamoście nad Wieprzcem”. Miało ono stanowić centrum administracyjne utworzonej w 1589 roku ordynacji zamojskiej, a także pełnić rolę dużego ośrodka rzemieślniczo-handlowego oraz okazałej rezydencji magnackiej.
thumb|Stara Brama Lubelska, stan przed renowacją (2004)
Zarówno fortyfikacje, jak i miasto zostały zaprojektowane przez włoskiego architekta Bernardo Morando, który zdecydował o tej lokalizacji Zamościa. Dzięki temu miasto leżało na skrzyżowaniu dwóch ważnych szlaków handlowych: jeden biegł z Lublina do Lwowa, a drugi z Rusi przez Sandomierz do Krakowa. Stworzyło to również dogodne warunki do obrony, gdyż dzięki spiętrzeniu wód Topornicy i Łabuńki utworzono zalew zabezpieczający miasto od południowego zachodu, poza tym rzeki umożliwiały napełnienie fos okalających mury od północnego wschodu.