opis pisma hieroglificznego jako alfabetu) i liczne anachronizmy (greckie wojska najemne w starożytności pojawiły się w Egipcie kilkaset lat później niż akcja książki, podobnie jak greckie osady i pieniądze; również szachy, które w ogóle nie były znane w starożytności).

Występujący w powieści motyw zaćmienia Słońca miał podłoże autobiograficzne – Prus był świadkiem całkowitego zaćmienia, które obserwował w MławieNasz patron Bolesław Prus.

Faraon ukazywał się w odcinkach w „Tygodniku Ilustrowanym” w latach 1895–1896. W przeciwieństwie do Lalki powieść nie była pisana na bieżąco – redakcja otrzymała do publikacji już gotowy utwór. W formie książkowej Faraon ukazał się po raz pierwszy w 1897 roku.

Rękopis powieści trafił do archiwum wydawnictwa Gebethner i Wolff, a następnie stał się własnością Ludwika Kolankowskiego, który w 1947 sprzedał go Bibliotece Narodowej. Od 2024 manuskrypt prezentowany jest na wystawie stałej w Pałacu Rzeczypospolitej.