Organizacja opierała się na siatce AK z okresu okupacji i głównie byłych członkach AK. Jej działalność koncentrowała się na rozbudowie własnych struktur organizacyjnych, werbowaniu nowych członków, prowadzenia łączności, wywiadzie i kontrwywiadzie (np. akcja Z, czyli rozpoznanie ludowego Wojska Polskiego), zwalczaniu bandytyzmu, oraz działalności propagandowej (pisma „Strażnica Sumienia”, „Baszta”, „Hasło Wielkopolski”). Organizacja liczyła ok. 7 tys. ludzi. Dowództwo WSGO „Warta” podjęło także działania w celu podporządkowania sobie różnych oddziałów zbrojnych istniejących na obszarze Wielkopolski. W rezultacie przejęto kontrolę nad następującymi grupami: oddziałem Ludwika Sinieckiego ps. „Szary”, działającego w pow. ostrowskim, oddziałem Jana Kempińskiego ps. „Błysk”, także operującego w pow. ostrowskim, oddziałem Franciszka Olszówki ps. „Otto”, który działał w rejonie Kępna, oddziałem Zygmunta Borostowskiego ps. „Bora”, działającego w okolicach Krotoszyna, Kompanią Rycerską Armii Krajowej dowodzonej przez Alojzego Matyniaka, również operującej w rejonie Krotoszyna, oddziałem „Tarzana”, działającego w okolicy Wągrowca, a następnie przeniesionego w inny teren, grupy NN ps. „Babinicz”, a następnie Jana Karaśkiewicza ps.