10 maja 2014 papież Franciszek ustanowił go biskupem diecezjalnym diecezji elbląskiej. Diecezję objął kanonicznie 28 maja 2014, zaś 8 czerwca 2014 odbył ingres do katedry św. Mikołaja w Elblągu. W latach 2016–2020 przeprowadził I synod diecezji elbląskiej. W 2018 utworzył dekanat Tolkmicko. 13 sierpnia 2020 papież Franciszek mianował go administratorem apostolskim sede vacante archidiecezji gdańskiej. Zarząd nad archidiecezją sprawował od 14 sierpnia 2020 do 25 marca 2021. W listopadzie 2024 w związku ze zbliżającymi się 75. urodzinami złożył rezygnację ze sprawowanego urzędu biskupa diecezjalnego elbląskiego, którą papież Leon XIV przyjął 13 września 2025. Do 17 października 2025 pełnił funkcję administratora apostolskiego diecezji.
W ramach Konferencji Episkopatu Polski w 1995 objął funkcję przewodniczącego Komisji Charytatywnej, w latach 1998–2008 i 2018–2023 był przewodniczącym Zespołu ds. Dialogu Ekumenicznego z Kościołem Polskokatolickim, w 2020 objął stanowisko przewodniczącego Zespołu ds. Kontaktów z Polską Radą Ekumeniczną. Został delegatem ds. Ekumenicznej Inicjatywy „Theobalt”, a także członkiem Rady ds. Ekumenizmu (w której w 2021 objął funkcję przewodniczącego), Rady Ekonomicznej i Zespołu ds. Ruchów Intronizacyjnych.