W 1693 r. poślubił Katarzynę – jedyną córkę matematyka i astronoma Andreasa Conciusa (Kąckiego), wcześniej był rektorem Gimnazjum Staromiejskiego w Królewcu i profesorem Albertyny. (Nazwisko Kącki znane jest w polskich herbarzach, a także występowało wśród braci polskich na Mazurach). Z małżeństwa tego przyszło na świat dziewięcioro dzieci. Jedna z pięciu córek wyszła później za mąż za Macieja Ernesta Boretiusa (Boreckiego), znanego lekarza pruskiego, inna zaś poślubiła Krzysztofa Pisańskiego pastora z Pisza i została matką słynnego „ojca literatury pruskiej” Jerzego Krzysztofa Pisańskiego.
Edukacja i podróże Jerzy Andrzej wcześnie zaczął zdradzać zamiłowanie do nauk przyrodniczych, rozbudzone w nim prawdopodobnie przez rektora szkoły łacińskiej w Węgorzewie, Michaela. Pierwsze lekcje pobierał w szkole węgorzewskiej, później ojciec wysłał go do Królewca – do szkoły w Lipniku. Opuścił ją w 1684 r. wstępując na Albertynę. Uczęszczał tam na wykłady z filozofii i teologii. Obdarzony niepospolitym talentem i pilnością wkrótce zwrócił na siebie uwagę wykładowców, którzy postanowili nadać Helwingowi stopień magistra za udział w dyspucie na temat – „Czy i w jakiej mierze ludzkie obyczaje zależne są od natury temperamentu” (1686).