Kierowała także grupą inżynierów zajmujących się najbardziej krytycznymi etapami lotu wahadłowca. Podczas realizacji programu Shuttle-Mir Higginbotham była zastępcą głównego inżyniera ds. promu Atlantis. Brała udział w pracach nad integracją nowego węzła cumowniczego (Orbiter Docking Station – ODS) z systemami wahadłowca. Była również głównym inżynierem projektu dla wahadłowca OV-102 Columbia. Do jej zadań należały m.in. zagadnienia dotyczące poszukiwania i usuwania błędów oraz testowanie wyposażenia. W 1994 znalazła się wśród 122 finalistów naboru do 15 grupy astronautów NASA, ale tym razem nie została zakwalifikowana. 1996 – 1 maja zakwalifikowano ją do 16 grupy astronautów NASA. Do tego czasu aktywnie uczestniczyła w 53 zabezpieczeniach startów wahadłowców. W sierpniu razem z 43 innymi kandydatami (10 pilotów, 25 specjalistów misji oraz 9 cudzoziemców) rozpoczęła dwuletni trening podstawowy. 1998 – zakończyła wspomniane przeszkolenie, po którym otrzymała uprawnienia specjalisty misji i przydział do Biura Astronautów NASA. Tam trafiła do działu ładunków użytecznych oraz systemów podtrzymywania życia (Payloads & Habitability Branch). Później pracowała w Laboratorium Integracji Awioniki Wahadłowca (Shuttle Avionics Integration Laboratory – SAIL), a także w Centrum Kosmicznym im. Johna F.