Od około 1672 roku rozpoczął pracę z Molierem, który zakończył współpracę z Jeanem-Baptiste'em Lullym. Jego dziełem jest np. muzyka do komedii Chory z urojenia (1673). W latach osiemdziesiątych Charpentier służył jako maître de musique w jezuickim paryskim kościele Św. Ludwika, był też nauczycielem muzyki Filipa, księcia Chartres. W 1698 roku został mianowany maître de musique w Sainte Chapelle (Kaplicy Św. Ludwika) i pozostał na tym stanowisku do śmierci w roku 1704.
Dorobek Charpentier był kompozytorem bardzo cenionym przez współczesnych. Zajmował się wieloma gatunkami muzycznymi, jednak największe osiągnięcia miał w muzyce wokalnej.
Komponował muzykę religijną w stylu francuskim: 18 łacińskich oratoriów (krótkich utworów jedno- lub dwuczęściowych z tekstem z Pisma świętego, w których występuje testo - narrator). Elementami formy są recytatywy, małe arie ca capo, chóry, simfonie, ansamble. Oratoriami kompozytora są przykładowo: Sąd Salomona, Syn marnotrawny, Ofiara Abrahama, motety (małe - z niewielką obsadą i basso continuo) oraz wielkie (duża obsada, fragmenty solowe i chóralne), magnificat, 8 mszy, psalmy.