Gruntowny remont przeszedł kościół jednak dopiero w latach 1969–1972. Z inicjatywy brzozowskiego proboszcza, ks. Juliana Pudły, przy wydatnej pomocy ks. Tomasza Zięby uratowano kościół, którego zły stan groził zawaleniem. Opasano wówczas mury od zewnątrz wieńcami żelbetowymi, wzmocniono filary wewnętrzne, część sklepienia nad prezbiterium pokrytego freskami podwieszono do nowego sklepienia żelbetowego, nad pozostałą częścią wykonano nowe sklepienie. Później przystąpiono do renowacji i konserwacji zabytkowego wyposażenia wnętrza. Odrestaurowano organy, ławki stalle, konfesjonały, a przede wszystkim ołtarz główny i dwa ołtarze boczne w transeptowych kaplicach. W latach 2000–2004 prowadzone były prace przy elewacji kościoła, położono też nową nawierzchnię na placu przy kościele.
3 kwietnia 1975 roku, przychylając się do prośby ordynariusza przemyskiego, prymas ks. kardynał Stefan Wyszyński na mocy specjalnych upoważnień udzielonych mu przez Stolicę Apostolską przywrócił kolegiatę.
Wyjątkowy charakter miały obchody 300. rocznicy konsekracji kościoła, połączone z III Tygodniem Kultury Katolickiej. Wzięli w nich udział ks. abp Ignacy Tokarczuk, biskupi pomocniczy: Stefan Moskwa, Edward Białogłowski, Bolesław Taborski. Liczny był też udział wiernych.