Od 1 czerwca 2005 piastował stanowisko prezesa Banku Światowego. 17 maja 2007 podał się do dymisji, gdy wewnętrzna komisja etyki uznała, że Wolfowitz postąpił nieetycznie, przyznając awans i podwyżkę swojej kochance. 25 czerwca Zarząd Banku Światowego zatwierdził na prezesa jedynego kandydata, Roberta Zoellicka. Objął on urząd 1 lipca.

Doktryna Wolfowitza „Doktryna Wolfowitza”K. Świder, Geopolityka jako światopogląd władzy w Rosji, „Teka Komisji Politologii i Stosunków Międzynarodowych”, 2016, 11, s. 44. to nieoficjalna nazwa nadana dokumentowi Defense Planning Guidance z 1992, którego autorami byli Wolfowitz i Libby. Dokument w zamierzeniu nie miał być upubliczniany, ale przedostał się do „The New York Times” i po opublikowaniu przez tę gazetę jego założeń 8 marca 1992 stał się przedmiotem publicznych kontrowersji.

Choć administracja amerykańska odcinała się od niego, istnieje pogląd, że jest on fundamentem doktryny Busha. Dokument zaleca prowadzenie agresywnej, jednostronnej polityki zagranicznej, włącznie z wojnami prewencyjnymi.