Następnie wypędził bernardynów z Sierakowa, a kolegiaty w Kórniku i Szamotułach zmienił na luterańskie zbory. W swoim poznańskim pałacu w 1563 również umieścił zbór luterański, a także organizował synody luteran i braci czeskich w 1560, 1566, 1567, 1568 oraz 1580. Mimo wszystko biskup Stanisław Hozjusz liczył, że dzięki bliskim kontaktom Łukasza III z poznańskimi jezuitami uda się przekonać magnata do powrotu na łono kościoła katolickiego. Te liczne kontakty opiekuna protestantów z duchowieństwem katolickim sprawiły, że po jego śmierci krążyła wręcz pogłoska, że konając wołał katolickiego księdza, którego nie dopuściło do jego łoża najbliższe otoczenie magnata. Gdy kapituła poznańskiej katedry nie wyraziła zgody na pochówek w rodzinnym grobowcu znajdującym się w jednej z katedralnych kaplic, jego bracia Andrzej II i Stanisław usiłowali wedrzeć się z trumną do kościoła siłą, lecz zostali odparci. Ostatecznie spoczął w Szamotułach, skąd później przeniesiono go do Kórnika, gdzie spoczywa do dziś. Jego żoną była Halszka (Elżbieta) z Ostroga.
Pochowany w kolegiacie w KórnikuHenryk Merczyng, Zbory i senatorowie protestanccy w dawnej Rzeczypospolitej, Warszawa 1904, s.