W latach 2000–2001 oraz 2004–2006 był przewodniczącym miejskiego zarządu jednej z dzielnic Sarajewa, Novo Sarajevo.
Po dojściu do władzy socjaldemokratycznej koalicji Sojusz na rzecz Demokratycznych Zmian, objął w 2001 urząd ambasadora Republiki Bośni i Hercegowiny w Republice Federalnej Jugosławii. Z funkcji ustąpił w 2002, gdy Partia Socjaldemokratyczna znalazła się w opozycji. Z wykształcenia prawnik, jest jednym z trzech wiceprzewodniczących Partii Socjaldemokratycznej.
Wybory 2006 Željko Komšić był kandydatem Partii Socjaldemokratycznej na urząd (chorwackiego) członka Prezydium Republiki Bośni i Hercegowiny. W wyborach 1 października 2006 uzyskał 41% głosów poparcia, pokonując Ivo Miro Jovicia (25%), Božo Ljubicia (18%) i Mladena Ivankovicia-Lijanovicia (9%). Mandat członka Prezydium objął 6 listopada 2006.
Dwukrotnie sprawował funkcję Przewodniczącego Prezydium Republiki Bośni i Hercegowiny. Po raz pierwszy od 6 lipca 2007 do 6 marca 2008 oraz ponownie od 6 lipca 2009 do 6 marca 2010.