Dzięki wiernym i księżom praktykującym w konspiracji grekokatolicyzm przetrwał jednak prześladowania. Cerkiew greckokatolicka wyłoniła się z niebytu w 1968, na fali praskiej wiosny. Na ponawiane żądania świeckich i hierarchii państwo znów uznało oficjalnie jej istnienie. W 1968 na polecenie władz w parafiach prawosławnych przeprowadzono głosowanie. W efekcie 205 parafii wróciło do grekokatolicyzmu, a tylko 5 zostało przy prawosławiu. 17 lipca 1968 utworzono greckokatolicką siedzibę biskupią w Koszycach, początkowo zarządzaną przez trzyosobowy komitet. 2 kwietnia 1969 tymczasowym zarządcą eparchii preszowskiej został mianowany Ján Hirka. Mimo odtworzenia cerkwi była ona nadal prześladowana, tym razem w bardziej wyrafinowany sposób: władze nie dopuszczały do wyświęcania potrzebnej liczby księży, nie zezwoliły na powołanie biskupa, a także nie zwróciły cerkwi zajętych przez cerkiew prawosławną. Brak księży stał się największym problemem cerkwi. Po śmierci biskupa Hopki w 1976 święceń kapłańskich musieli udzielać biskupi Križevci w Jugosławii. Niezależnie od wrogiego stosunku władz państwowych grekokatolików szykanowała czechosłowacka cerkiew prawosławna.