Po wydostaniu z niewoli osiadł na stałe w Żabnie (woj. Wielkopolskie). Matka Ksawerego - Zofia z domu Lossow herbu Lossow pochodziła ze spolszczonej gałęzi starego niemieckiego rodu.
Nauka, studia medyczne i praktyka lekarska Młody Ksawery mógł z tradycji domu czerpać naukę patriotyzmu, w którego krzewieniu tak bardzo się przysłuży ojczyźnie w późniejszych latach. Po ukończeniu Królewskiego Gimnazjum w Gnieźnie oraz złożeniu tamże egzaminu dojrzałości w 1898[dostęp 2013-12-25] udał się na studia medyczne, które odbył kolejno w Lipsku i Würzburgu, otrzymując ostatecznie w 1903 tytuł doktora nauk medycznych na podstawie rozprawy pt.: Zur Statistik und Casuistik der Rückenmarkstumoren.Zur Statistik und Casuistik der Rückenmarkstumoren (Würzburg, 1903) Odbył następnie praktyki w Berlinie i Paryżu, specjalizując się w dermatologii i urologii. W roku 1905 osiadł na stałe w Poznaniu, gdzie rozpoczął praktykę lekarską. W latach 1905–1908 pacjentów przyjmował w swoim gabinecie lekarskim, w mieszkaniu mieszczącym się dziś przy ul. Ratajczaka 30 w Poznaniu. Gabinet ten wyposażony był w pierwszy w mieście aparat rentgenowski. Następnie dr Zakrzewski przeniósł swoją praktykę do gabinetów mieszczących się kolejno w poznańskich kamienicach przy dzisiejszej ul. 27 Grudnia 4 (l. 1908–1912) i Placu Wolności 9 (l. 1912–1914).