Zespół Peutza-Jeghersa należy do zespołów wrodzonej predyspozycji do rozwoju nowotworów. Prawie połowa pacjentów z zespołem Peutza-Jeghersa umiera z powodu choroby nowotworowej przed 57. rokiem życia. Kumulatywne ryzyko pojawienia się nowotworów złośliwych u pacjenta z PJS w wieku 65 lat wynosi prawie 93%. Nowotwory spotykane u pacjentów z zespołem Peutza-Jeghersa to: rak jelita cienkiego rak jelita grubego rak żołądka rak trzustki rak sutka rak jajnika (zwłaszcza ziarniszczak) występujący częściej niż nowotwory złośliwe jąder u chorych z zespołem Peutza-Jeghersa guzy z komórek sznurów płciowych (sex cord tumors with annular tubules, SCTAT) wysoko zróżnicowany gruczolakorak szyjki macicy (minimal deviation adenocarcinoma) wapniejące, hormonalnie czynne guzy jąder z komórek Sertolego.
Ryzyko względne rozwoju dowolnego typu nowotworu u pacjentów z PJS jest większe niż 15. Szczególnie wysokie jest ryzyko względne dla raka jelita cienkiego (520), żołądka (213), trzustki (132), okrężnicy (84) i przełyku (57), nieco mniejsze dla raka piersi (15,2), płuc (17) i jajnika (27).