W 1985 r. został prywatnym sekretarzem parlamentarnym (Parliamentary Private Secretary, PPS) sekretarza skarbu Johna Moore’a i jego następcy Normana Lamonta. Po wyborach 1987 r. został PPS ministra spraw wewnętrznych Douglasa Hurda. W 1988 r. został whipem rządu Margaret Thatcher (miał za zadanie pilnować, aby Partia Konserwatywna głosowała zgodnie w wolą rządu). W następnych latach był parlamentarnym podsekretarzem stanu w ministerstwie środowiska (1989–1990) i ministerstwie energii (1990–1992, Skarbnikiem Dworu Królewskiego (1992–1993), Paymaster-General (1994–1996) i członkiem Tajnej Rady (od 1996 r.). W 1996 r. opuścił rząd na tle sporu na temat wprowadzenia euro (Amory jest eurosceptykiem).
Po wyborczej klęsce konserwatystów w 1997 r., Amory wszedł w skład gabinetu cieni Williama Hague'a jako Główny Sekretarz Skarbu (1997–2000) i minister handlu i przemysłu (od 2000 r.). W 2001 r. popierał wybór Iaina Duncana Smitha jako lidera konserwatystów. W latach 2001–2003 był jednym z brytyjskich delegatów na szczyty Unii Europejskiej. Po wyborze Davida Camerona na lidera konserwatystów, Amory znalazł się w wewnątrzpartyjnej opozycji przeciwko, ich zdaniem, zbyt liberalnych zmianach w programie partii.