Wisła Kraków mały|300px|Probierz jako trener Wisły Kraków w 2012 roku Po niespełna dwóch miesiącach od rozwiązania kontraktu z Arisem Saloniki, 1 marca 2012 Probierz objął funkcję trenera Wisły Kraków. 1 października w trakcie konferencji prasowej po ligowym meczu z Piastem Gliwice, podał się do dymisji, a następnego dnia rozwiązał umowę z krakowskim klubem. Pracę w klubie zakończył w atmosferze konfliktu ze starszyzną drużyny, w tym kapitanem zespołu Radosławem Sobolewskim. Konflikt miał swoje odzwierciedlenie jeszcze po latach gdy obaj już jako szkoleniowcy, Probierz Cracovii, a Sobolewski Wisły, nie podawali sobie rąk przed meczem, zgodnie ze zwyczajem panującym w Ekstraklasie.
GKS Bełchatów Jeszcze w tej samej rundzie rozgrywek, 14 listopada objął stanowisko trenera innego klubu Ekstraklasy – GKS Bełchatów. Funkcję tę sprawował tylko do 27 grudnia, kiedy to jego kontrakt został rozwiązany za porozumieniem stron.
Lechia Gdańsk 4 czerwca 2013 Probierz objął posadę I trenera Lechii Gdańsk. Umowa ze szkoleniowcem została zawarta na okres dwóch lat z opcję przedłużenia o kolejny rok.