W sezonie 1997/1998 Genk było rewelacją sezonu. Zdobyło wicemistrzostwo kraju, a wielki sukces osiągnęło także w Pucharze Belgii wygrywając w finale 4:0 z dopiero co koronowanym mistrzem kraju Club Brugge. Sam Strupar zrobił furorę i z 22 golami został trzecim z kolei królem strzelców pochodzącym z Chorwacji (w 1996 roku był nim Mario Stanić, a w 1997 Robert Špehar). Dodatkowo gazeta Het Laatste Nieuws uznała Strupara piłkarzem roku i Branko otrzymał nagrodę „Złotego Buta”. Rok później Genk odniósł kolejny wielki sukces po raz pierwszy w historii zdobywając mistrzostwo Belgii, a Strupar po raz kolejny pokazał wielką klasę zdobywając 18 goli i będąc najlepszym strzelcem zespołu. Struparem interesowały się kluby z czołowych lig Europy, w tym z Premiership i Bundesligi, jednak Branko zdecydował się zostać w Genk. Liczył także na to, iż awansuje ze swoją drużyną do fazy grupowej Ligi Mistrzów. W drugiej rundzie kwalifikacji Genk trafił na słoweński NK Maribor. W pierwszym meczu w Mariborze mistrz Belgii doznał sromotnej klęski przegrywając aż 1:5, a w rewanżu na własnym terenie nie zdołał odrobić strat i wygrał tylko 3:0 żegnając się tym samym z awansem do kolejnej rundy Ligi Mistrzów. Strupar rozegrał tylko rundę jesienną, w której zdobył 9 goli i w grudniu 1999 skorzystał z oferty angielskiego Derby County. 3 stycznia 2000 w 2.