Para zawarła związek małżeński miesiąc po swoim pierwszym spotkaniu, 21 września 1869 na Zamku Marchais w regionie Hauts-de-France we Francji. Maria miała niespełna dziewiętnaście lat. Otrzymała tytuł Jej Książęcej Wysokości Dziedzicznej Księżnej Monako i przeprowadziła się do księstwa. Małżeństwo okazało się jednak nie być udane. Księżna miała nie lubić swojego męża, nie podobało się jej również Monako i wybrzeże Morza Śródziemnego, ponieważ znacznie różniło się od jej rodzinnej Szkocji. Będąc w ciąży wyjechała do Badenii, do rodzinnego domu matki, gdzie 12 lipca 1870 urodziła syna i przyszłego następcę tronu, księcia Ludwika Honoriusza Karola Antoniego.

W Maria i Albert 1880 otrzymali kościelne stwierdzenie nieważności małżeństwa, natomiast rozwodu udzielił im ojciec Alberta, książę Karol III. Ich syn wychowywany był w Badenii przez babkę, a swojego ojca poznał, gdy miał jedenaście lat. Wówczas pojechał do Monako, gdzie miał być przygotowywany do roli władcy księstwa.

2 czerwca 1880 we Florencji Maria zawarła związek małżeński z hrabią Tassilo Festetics de Tolna, węgierskim arystokratą, synem hrabiego Jerzego i hrabiny Eugenii.