Powierzchnia wyspy wynosi 77 984,49 km² i stanowi ona ponad 93% powierzchni prefektury.
Najbardziej na południe wysuniętą częścią wyspy jest półwysep Oshima.
Do prefektury Hokkaido zalicza się wiele małych wysepek, m.in. Rishiri, Okushiri, Rebun. Japończycy do tej prefektury zaliczają także kilka południowych Wysp Kurylskich, o które prowadzą spór z Rosją: Iturup (jap. Etorofu), Kunaszyr (Kunashiri), Szykotan (Shikotan) i wysepki Habomai. Powierzchnia prefektury wynosi 83 424,44 km², w tym powierzchnia jej części znajdującej się we władaniu Japonii 78 421,39 km², a części znajdującej się we władaniu Rosji 5 003,05 km². Łącznie małe wysepki będące we władaniu Japonii, wchodzące w skład prefektury mają powierzchnię 436,9 km² (0,56% tej części prefektury).
W 2020 r. prefekturze mieszkało 5 224 614 osób, w 2 469 063 gospodarstwach domowych. Podana liczba ludności dotyczyła jedynie terenów będących we władaniu Japonii (bez obszarów będących we władaniu Rosji), tym samym gęstość zaludnienia wynosiła 66,6 os./km². W 2010 r. w prefekturze mieszkało 5 506 419 osób, w 2 418 305 gospodarstwach domowych.
25 września 2003 roku o godzinie 19:50:07 czasu UTC blisko wybrzeży wyspy wystąpiło trzęsienie ziemi o magnitudzie 8 w skali Richtera.