Jerzy Dzik (2003) zaklasyfikował takson do grupy Dinosauriformes i przedstawił trzy hipotezy dotyczące filogenezy silezaura. Według pierwszej z nich jest on wczesnym przedstawicielem dinozaurów ptasiomiednicznych, według drugiej reprezentuje linię ewolucyjną prowadzącą zarówno do dinozaurów ptasiomiednicznych, jak i prozauropodów po przejściu na roślinożerność, lecz przed jej rozejściem się i wedle trzeciej jest przedstawicielem grupy archozaurów, u których roślinożerność wykształciła się niezależnie od Ornithischia. Druga spośród tych teorii jest odrzucana, a zauropodomorfy – zgodnie z wcześniejszymi hipotezami – łączone z teropodami w klad Saurischia, do którego nie należą dinozaury ptasiomiedniczne. Dzik przedstawił listę diagnostycznych apomorfii dowodzących, że Silesaurus jest bardziej zaawansowanym archozaurem niż Marasuchus i co najmniej równie zaawansowanym jak Pseudolagosuchus, współczesny silezaurowi dinozauromorf z obecnych terenów Argentyny. W 2006 roku Max Langer i Michael J. Benton przeprowadzili pierwszą analizę kladystyczną uwzględniającą Silesaurus opolensis. Wsparła ona trzecią spośród przedstawionych przez Dzika hipotez, umiejscawiając silezaura jako takson siostrzany dinozaurów.