Według analizy filogenetycznej przeprowadzonej przez Grzegorza Niedźwiedzkiego i współpracowników Silesaurus jest najbardziej bazalnym znanym przedstawicielem Ornithischia, stanowiącym takson siostrzany wczesnych ptasiomiednicznych, takich jak Pisanosaurus, Lesothosaurus, Eocursor, „fabrozaury” i heterodontozaury. Stoi to w sprzeczności z wynikami badań Langera i współpracowników, według których silezaur jest bliżej spokrewniony z technozaurem i Sacisaurus, wraz z którymi tworzy klad Silesauridae, mogący obejmować również rodzaje Eucoelophysis, Pseudolagosuchus i Lewisuchus. Odkrycie środkowotriasowych skamieniałości innego przedstawiciela Silesauridae – Asilisaurus – wspiera hipotezę, według której Silesauridae są taksonem siostrzanym dinozaurów i zaprzecza, by były one bazalnymi dinozaurami ptasiomiednicznymi. Niektóre późniejsze analizy filogenetyczne sugerowały jednak, że silezaurydy (w tym Silesaurus i Asilisaurus) są pierwotnymi przedstawicielami Ornithischia.
Langer i Benton stwierdzili, że niezależnie od tego, czy jest bazalnym dinozaurem ptasiomiednicznym, czy taksonem siostrzanym wobec dinozaurów, obecność zwierzęcia takiego jak Silesaurus była nieoczekiwana u podstawy drzewa filogenetycznego dinozaurów.