Wciąż komunikacja miejska przynosiła straty.
W latach dziewięćdziesiątych Zakład Komunikacji Miejskiej, którego prezesem był Mieczysław Śliwiński, obsługiwał 20 tras o łącznej długości 130 km, w tym 5 podmiejskich, za pomocą 47 autobusów. Przewieziono 5 734 000 pasażerów, przy zatrudnieniu 76 osób, w tym ponad 60 kierowców. Przybyło wówczas pojazdów (w 1997 aż 5). Były to Jelcze M 120 (dostały one numery taborowe 100, 101, 102, 103, 104). W 1999 pojawiły się pierwsze autobusy przegubowe „Ikarusy”, a dotychczasowe kasowniki zastąpiły nowe, elektroniczne, z zegarkami wskazującymi godzinę.
2002 W 2002 roku Zakład Komunikacji Miejskiej zakupił 3 autobusy nowej generacji, marki Solaris Urbino 12 (otrzymały one numer taborowe w zakresie od 108 do 110). Autobusy o łącznej długości 12 m, niskiej podłodze i z miękkimi siedzeniami wyjechały na linie i obsługiwały najczęściej „czternastkę”. W 2002 roku zaczęła się też era nowego malowania autobusów suwalskiej komunikacji miejskiej – na żółto-zielono.
2004 W 2004 roku ZKM wzbogacił się o 2 najmniejsze z całej floty 43 autobusów Jelcze M081MB/3 (otrzymały numery taborowe w zakresie 111 i 112). W tym samym również roku ZKM zakupiło z POM Suwałki używanego Jelcza PR110U (otrzymał numer 113).