Pełna sławy dekada lat 90. Początek lat 90. to była najbardziej błyskotliwa epoka w historii klubu. W roku 1990 pod przewodnictwem nowego prezesa klubu i z nową intencją próby zdobycia Copa Libertadores, klub zatrudnił wybitnych piłkarzy zagranicznych. Byli to: mistrz świata z 1986 Marcelo Trobbiani, zdobywca Copa América z 1983 Alberto „Beto” Acosta oraz kolejny reprezentant Urugwaju Marcelo Saralegui. Z takimi graczami oraz z grupą młodych, jak i doświadczonych piłkarzy ekwadorskich grali znakomicie, docierając aż do finału, eliminując po drodze w rzutach karnych taką potęgę jak River Plate. W finale czekał kolejny słynny i bardzo trudny przeciwnik – Club Olimpia z Asunción. Porażka na wyjeździe 0:2 okazała się nie do odrobienia. Remis 1:1 oznaczał, że puchar zdobyli rywale. Jedynym pocieszeniem był fakt, że Barcelona dzięki udanemu sezonowi zaczęła być uważana za jeden z najbardziej znaczących klubów Ameryki Południowej.