25 grudnia 1993, trzy dni po tym, jak Barcelona zajęła drugie miejsce w lidze ekwadorskiej, co dało prawo występu w Copa Libertadores, w wieku 29 lat zginął znakomity ekwadorski napastnik Carlos Muñoz (w decydującym spotkaniu zdobył dla Barcelony trzy bramki).
Po wygraniu ligi ekwadorskiej w roku 1997 z pomocą takich graczy jak boliwijski internacjonał Marco Etcheverry, Kolumbijczyk Antony de Ávila i reprezentant Ekwadoru Agustin Delgado Barcelona w roku 1998 przystąpiła do walki o Copa Libertadores. Pomimo posiadania wielu wiekowych graczy klub dotarł aż do finału, gdzie zmierzył się z CR Vasco da Gama. Po porażce 0:2 w Rio de Janeiro i 1:2 u siebie znów trzeba było pogodzić się z tytułem finalisty. Jedynym pocieszeniem był fakt, że hiszpański magazyn piłkarski Don Balón, który opublikował coroczny ranking czterdziestu najsilniejszych klubów świata, umieścił Barcelonę na 10. miejscu.
Następne lata nie były dla Barcelony pomyślne, ale w ostatnich latach trzykrotne wicemistrzostwo Ekwadoru (w 2002, 2003, 2005 i 2014 r.) zwiastuje, że okres kryzysu klub ma już za sobą i jest na najlepszej drodze do odzyskania dawniej prezentowanego poziomu.