Organizacja W skład Instytutu wchodzą zakłady i pracownie reprezentujące określone dyscypliny weterynaryjne, jak: mikrobiologia weterynaryjna, biochemia zwierząt, patologia weterynaryjna, toksykologia weterynaryjna, fizjopatologia rozrodu, higiena żywności pochodzenia zwierzęcego i higiena pasz oraz zakłady chorób poszczególnych gatunków zwierząt (bydło, owce, konie, świnie, drób, psy, koty, zwierzęta futerkowe, ryby, pszczoły), a także zakłady prowadzące badania nad istotnymi dla hodowli chorobami (np. pryszczyca).
Największy kompleks budynków mieści się w Puławach, a pozostałe w Bydgoszczy i Zduńskiej Woli.
Badania Podstawowa tematyka badawcza Instytutu dotyczy: diagnostyki i profilaktyki chorób zakaźnych i pasożytniczych, etiologii, higieny żywności pochodzenia zwierzęcego, toksykologii i farmakologii weterynaryjnej, patologii rozrodu i chorób gruczołu mlekowego, patofizjologii zwierząt.
Instytut dysponuje nowocześnie wyposażonymi laboratoriami badawczymi oraz wysoce wykwalifikowaną kadrą naukową. Swoje osiągnięcia naukowe, a także najnowsze zdobycze nauk weterynaryjnych, Instytut upowszechnia w formie publikacji, instrukcji i opracowań monograficznych.