W 1988 roku zmieniono oznaczenie lokomotyw według nowego systemu na serię 140.
Rozwinięciem lokomotyw serii E499.0 była seria E499.1 (oznaczenie fabryczne prototypu 20E, seryjnych 30E) i lokomotywy eksportowe, w tym 44E dla Polski.
3 sierpnia 1992 roku lokomotywa 140 003 brała udział w katastrofie kolejowej w Budkovacach na skutek której została skreślona ze stanu CSD i skasowana z powodu doznanych uszkodzeń. Kilka lokomotyw zachowano do celów muzealnych. Trzy Lokomotywy po elektryfikacji linii kolejowej do Zwardonia prowadziły od 2005 roku międzynarodowe pociągi pasażerskie z Żyliny do Katowic. Elektrowozy eksploatowane są przez słowackich przewoźników prywatnych. W Polsce osiem elektrowozów było eksploatowanych przez prywatnych przewoźników.
Eksploatacja w Polsce CTL Logistics Od 2005 roku dwie lokomotywy eksploatowane były w Polsce przez CTL Rail, ale już rok później przeszły na stan CTL Logistics i pracowały pod oznaczeniem ET13 z numerami R001 (099) i R002 (074). W 2007 roku CTL logistics nabył kolejną lokomotywę 140 064 która pracowała pod oznaczeniem ET13-R003 i była eksploatowana przez przewoźnika przez ponad siedem lat. W 2009 i 2010 roku elektrowozy ET13-R001 i R002 zostały skreślone ze stanu CTL Logistics i wystawione na sprzedaż. ET13-R001 została sprzedana do Loko Trans.