Kolejny album zespołu to Toxicity wydany w 2001. Odrzucone, niezmiksowane utwory z sesji nagraniowej zostały wykradzione ze studia i wpuszczone do sieci jako album Toxicity II. Jako odpowiedź został wydany album Steal This Album!, zawierający zmiksowane i poprawione utwory nielegalnie krążące w internecie. W 2005 został wydany album Mezmerize, a pół roku później Hypnotize. Działalność zespołu została zawieszona w 2006, ponieważ muzycy rozpoczęli pracę nad projektami solowymi. Serj Tankian wydał album Elect the Dead w 2007 roku, Daron Malakian i John Dolmayan założyli formację Scars on Broadway i 29 lipca 2008 roku wydali debiutancki album, natomiast Shavo Odadjian dołączył do grupy Achozen. W 2010 roku formacja wznowiła działalność.
Muzycy Obecny skład zespołu Serj Tankian – śpiew, instrumenty klawiszowe, okazjonalnie gitara rytmiczna oraz akustyczna (1994–2006, od 2010) Daron Malakian – śpiew, gitara prowadząca (1994–2006, od 2010) Shavo Odadjian – gitara basowa, chórki (1994–2006, od 2010) John Dolmayan – perkusja (1997–2006, od 2010)
Byli członkowie zespołu Ontronik „Andy” Khachaturian – perkusja (1994–1997)
Dyskografia
System of a Down (30 czerwca 1998) Toxicity (4 września 2001) Steal This Album!