Po inwazji niemieckiej na Norwegię 9 kwietnia 1940 NKP ogłosiło, że wojna była wojną imperialistyczną i że Niemcy oraz mocarstwa zachodnie są tak samo odpowiedzialne za jej wybuch. Według kierownictwa partia powinna być opozycyjna nie tylko wobec nazistów, ale także wobec rządu premiera Nygaardsvolda na wygnaniu. Jednak lokalnie komórki NKP w północnej Norwegii rozpoczęły (bez zgody kierownictwa partii), działalność zbrojną przeciw okupantowi. W sierpniu 1940 NKP była pierwszą norweską partią polityczną zakazaną przez niemieckie władze okupacyjne. Publikacja organu prasowego ustała. Partia zeszła do podziemia. W dniu 31 grudnia 1941, odbyła się tajna konferencja partii, która przyjęła plan walki zbrojnej. NKP zaczęła odgrywać wiodącą rolę w ruchu oporu, organizować sabotaż i działania partyzanckie. Wydawała również podziemne gazety i publikacje.