26 lipca 2013 został powołany przez Sejm na prezesa Najwyższej Izby Kontroli.. Jeszcze w tym samym miesiącu zrezygnował z członkostwa w PO. 9 sierpnia jego wybór na szefa NIK zatwierdził Senat., w tym samym dniu przestał być posłem na Sejm. Urząd prezesa NIK objął 18 dni później. W sierpniu 2015 prokurator Prokuratury Apelacyjnej w Katowicach złożył wniosek o uchylenie mu immunitetu w związku z zamiarem przedstawienia zarzutów dotyczących przestępstw urzędniczych związanych z niektórymi konkursami na kierownicze stanowiska w NIK. Krzysztof Kwiatkowski wniósł do marszałka Sejmu o uchylenie mu immunitetu, deklarując również przekazanie nadzoru nad prowadzonymi kontrolami i jednostkami organizacyjnymi izby swoim zastępcom. 19 sierpnia 2019 złożył na ręce marszałek Sejmu Elżbiety Witek rezygnację z funkcji prezesa NIK w związku z zamiarem startu w wyborach parlamentarnych w tym samym roku. Ostatecznie zakończył urzędowanie 30 sierpnia 2019, gdy na czele NIK stanął Marian Banaś.