W Romie Spalletti najczęściej stosował formację 4-2-3-1, w której jest miejsce dla 4 obrońców, 2 defensywnych pomocników, 2 skrzydłowych, 1 ofensywnego pomocnika (najczęściej gwiazda drużyny Francesco Totti) oraz 1 napastnika. System ten zadziałał przede wszystkim we wspomnianym sezonie 2005/2006 i dzięki tej zmianie Roma awansowała z 15. miejsca na 6. Spalletti znany jest z żywiołowych reakcji podczas meczu i dość często potrafi kłócić się z sędziami spotkania. Po nie udanym początku sezonu 2009/2010 Spaletti złożył dymisję, która została przyjęta i po zaledwie dwóch kolejkach przestał być szkoleniowcem Giallorossich.
W grudniu 2009 podpisał trzyletni kontrakt z rosyjskim zespołem piłkarskim Zenit Petersburg, tym samym zastępując Dicka Advocaata. W 2014 roku rozstał się z rosyjskim klubem.
W styczniu 2016 roku ponownie został trenerem AS Romy. Po sezonie 2016/17 odszedł z klubu.
W czerwcu 2017 roku został ogłoszony nowym trenerem Interu Mediolan.
Od 2021 był trenerem SSC Napoli.