Druga część powiatu znalazła się w okresie 1939–1941 pod okupację sowiecką. Mieszkańcy tej części regionu zostali następnie deportowani do Białoruskiej i Ukraińskiej Republiki ZSRR. Na mocy porozumienia niemiecko-sowieckiego z listopada 1939, tym mieszkańcom Sanoka, którzy po 17 września 1939 znaleźli się pod okupacją sowiecką, stworzono możliwość powrotu do domów. W ten sposób w grudniu 1939 i kwietniu 1940 do Sanoka i okolicznych miejscowości powróciło wielu mieszkańców.
Od 26 października 1939 powiat sanocki znalazł się w dystrykcie krakowskim, któremu podlegały komisariaty wiejskie w Sanoku, Brzozowie i Baligrodzie. Pierwszym starostą (Landrat) został dr Albert Schaar. Całkowita powierzchnia powiatu wynosiła do listopada 1941 2585,6 km² i liczyła 245 704 mieszkańców. Powiat sanocki był najbardziej wysuniętym na południowy wschód obszarem Generalnego Gubernatorstwa.