Podczas oblężenia Warszawy przez wojska pruskie w 1794 kościół, który zamieniono na bastion obronny, został częściowo zniszczony. W 1807 został odremontowany i konsekrowany w 1811.
W 1831 świątynia, która znalazła się w obrębie Reduty Wolskiej, została ponownie zniszczona. W pobliżu kościoła zginął Józef Sowiński.
W 1834 kościół został zamieniony na cerkiew-mauzoleum Włodzimierskiej Ikony Matki Bożej, patronki dnia, w którym zdobyto Warszawę. W 1841 wnętrze świątyni przebudowano według projektu Adama Idźkowskiego. Dla upamiętnienia zwycięskiej bitwy w ściany cerkwi wmurowano 12 rosyjskich luf armatnich z kulami, które znajdują się w nich do dzisiaj. W 1845 umieszczono tu również 6 tablic z inskrypcjami, upamiętniających uczestników szturmu oraz jego przebieg. Znajdujący się w kościele obraz Matki Bożej Pocieszenia, nazywany Matką Boską Elekcyjną (zgodnie z tradycją w czasie elekcji królów był przenoszony ze świątyni do kaplicy prymasowskiej w szopie senatorskiej), po przejęciu świątyni przez władze rosyjskie trafił do prywatnej kaplicy rodziny Biernackich. W 1860 umieszczono go w nowo wybudowanym kościele św. Stanisława Biskupa i Męczennika, gdzie znajduje się do dziś.