W 1988 jego mieszkanie przy Alei Kościuszki 53 zostało brutalnie przejęte przez urząd kwaterunkowy. W trakcie eksmisji znaczna część judaiców, bogatego księgozbioru i dokumentów została wyrzucona na śmietnik lub spalona. Były to m.in. unikatowe wydanie przedwojennej dokumentacji łódzkiego cmentarza żydowskiego, banknoty z łódzkiego getta, tzw. rumki, zwoje Tory, listy z głównego rabinatu Wojska Polskiego z II wojny światowej, korespondencja rabina z dostojnikami państwowymi, żydowskie księgi urodzeń, wiersze o zagładzie Żydów, wizytówki wielu znanych przed wojną osobistości, plakaty, chałaty i tałesy. Zaledwie niewielka część została przejęta przez władze miejskie. W 1999 rabin Morejno otrzymał symboliczne odszkodowanie za wyrządzone straty.
Na początku lat 90. powrócił do Polski i próbował objąć stanowisko naczelnego rabina Polski, co spotkało się z dezaprobatą społeczności żydowskiej. Został przemocą usunięty z bimy w synagodze im. Małżonków Nożyków w Warszawie. Po tym incydencie wrócił do Nowego Jorku, gdzie mieszkał do śmierci. W 2008 po wielu latach Stowarzyszeniu 614. Przykazania udało się nawiązać kontakt z rabinem. Został pochowany w Jerozolimie na cmentarzu na Górze Oliwnej.