The Campfire Headphase (2005) Potem nastąpił okres przerwy. po czym w październiku 2005 roku Boards of Canada wydali album The Campfire Headphase, który wprowadził subtelne zmiany w ich brzmieniu. Znalazł się na 9. miejscu na liście najlepszych szkockich albumów dekady 2000–2010 magazynu The Skinny. Z albumu pochodzi nagranie „Dayvan Cowboy”, pierwsze w historii zespołu, które doczekało się własnego wideoklipu. Reżyserem nagrania była artystka Melissa Olson, dawna znajoma zespołu.
W maju 2006 roku ukazała się złożona z sześciu utworów EP-ka, Trans Canada Highway.
Tomorrow’s Harvest (2013) Później zespół zaprzestał działalności na siedem lat. Mimo tego ich wpływ na innych wykonawców ambient rozszerzał się. W 2013 roku ukazał się jego kolejny album, Tomorrow’s Harvest. Zwiastunem wydawnictwa był wydany 20 kwietnia 2013 roku przez Warp Records z okazji Record Store Day 2013 maxi singel zatytułowany „------ / ------ / ------ / XXXXXX / ------ / ------”. Ciąg cyfr XXXXXX oznaczał kod numeryczny 936557. W ciągu następnych dni zostało ujawnionych pięć kolejnych kodów, a kiedy 29 kwietnia Boards of Canada uruchomili nową stronę internetową, Cosecha Transmisiones, okazało się, że numery te są hasłem odblokowującym teledysk oraz link do okładki albumu i daty jego wydania.