W kolejnych miesiącach obecność sił etiopskich miała charakter okupacyjny, a Unia Trybunałów Islamskich zeszła do podziemia i rozpoczęła kampanię partyzancką.
We wrześniu ugrupowania partyzanckie podczas spotkania somalijskich islamistów z opozycją somalijską w Asmarze powołano do życia Sojusz na rzecz Wyzwolenia Somalii (ASR), czyli sojusz ugrupowań islamskich w skład której weszła Unia Trybunałów Islamskich. Porozumienie zawarto, by połączyć siły i usprawnić walkę przeciwko Tymczasowemu Rządowi Federalnemu.
29 grudnia 2008 do dymisji podał się prezydent Abdullahi Yusuf. W tym samym czasie Somalię opuszczały wojska etiopskie, gdyż uznali, że koszty misji wojskowej są zbyt wysokie. Ostatnie oddziały wyjechały 26 stycznia 2009. Władzę w kraju przejęła Unia Trybunałów Islamskich z Sharifem Sheikhem Ahmedem na czele, który 31 stycznia 2009 został prezydentem Somalii.
Jednak po zaprzysiężeniu umiarkowanego islamisty na głowę państwa, doszło do rozłamu wśród fundamentalistów. Powołano ugrupowanie Hizbul Islam, które 8 lutego 2009 wypowiedziało wojnę