Etnogeneza Pochodzenie Nagajbaków nie jest jasne. Niesprecyzowana jest też geneza samej nazwy społeczności. Istnieją teorie wiążące ich pochodzenie z Nogajami (koncepcje te opierają się głównie na nazwie tej społeczności), inne znów mówią, iż nazwa ich pochodzi od imienia Nogaj, który miał być wodzem części Baszkirów, która dała początek Nogajom, zaś sami Nagajbacy są Baszkirami. Poza tym istnieją teorie, które mówią, iż naród ten pochodzi od plemion ugrofińskich, podbitych i wynarodowionych przez Tatarów. Najczęściej jednak obecnie wiąże się ich ze zmuszonymi przez Iwana Groźnego do przejścia na prawosławie Baszkirami. Nagajbekowie w XIX i XX w. Nagajbekowie dość licznie brali udział w wojnach napoleońskich, i pochodzący z tego ludu żołnierze uczestniczyli w walkach w Europie Zachodniej a potem w okupacji Francji. Powróciwszy do ojczyzny weterani wojenni założyli kilka osad nazwanych od miast i osad zachodnioeuropejskich, w których byli, m.in. obecny ośrodek administracyjny okręgu nagajbackiego _ Ferszampenuaz (którego nazwa pochodzi od francuskiej wioski Fère-Champenoise, gdzie 25 marca 1814 r. Nagajbacy brali udział w bitwie), Berlin, Leipcig (od niemieckiej nazwy Lipska). Jedna z powstałych wtedy osad została nazwaną na cześć francuskiej stolicy Pariżem (W końcu XX w.