Kongresmen W listopadzie 1992 wybrano go jednym reprezentantem Dakoty Północnej w Izbie Reprezentantów. Objął mandat w styczniu 1993. Wybierano go ponownie w 1994, 1996, 1998, 2000, 2002 oraz 2004. Ubiegał się o reelekcję na ósmą dwuletnią kadencję w 2006. Jego przeciwnikiem z ramienia Partii Republikańskiej był Matthew Mechtel. Przegrał wybory w 2010 r. Jego następcą jest Rick Berg z Fargo.
Kongresmen Pomeroy był członkiem organizacji Blue Dog Democrats, zrzeszającej umiarkowanych oraz bardziej konserwatywnych demokratycznych członków Kongresu. Jednakże inaczej niż wielu jej członków, opowiada się za zniesieniem kary śmierci.
Stanowiska w różnych sprawach Sprzeciwia się w większości przypadków do prawa przerwania ciąży Głosował przeciwko poprawce do konstytucji zakazującej zawierania związków prawnych przez osoby tej samej płci Głosował przeciwko zakazowi adopcji przez pary homoseksualne w Waszyngtonie (dystrykcie federalnym) Popierał nie przyjętą poprawkę do konstytucji zakazującą niszczenia flagi amerykańskiej Głosował za dopuszczeniem możliwości modlitw w szkołach publicznych w „czasie wojny z terroryzmem” Uchodzi za rzecznika praw emerytów w Kongresie i sprzeciwia się propozycjom prywatyzacji systemu ubezpieczeń społecznych Sprzeciwia się instytucji kary śmierci;