Tam w latach 1852–1853 Szubert kontynuował naukę rzeźby w założonej w 1808 Akademii Sztuk Pięknych w Monachium.
Z pobytu w Monachium znane są jego dwa dzieła: wielka grupa Chrystus wśród dzieci – obecnie w kościele franciszkanów w Krakowie oraz Chrystus – kolosalny posąg wykonany po wielkim pożarze Krakowa w 1850 do kaplicy Przeździeckich w kościele dominikanów. W Monachium wykonał też kompozycję Minesänger oraz portret księcia Esterházyego, byłego ambasadora austriackiego, a dzięki jego poparciu uzyskał 1200 florenów na dwuletni pobyt w Rzymie.
left|thumb|Przekleństwo śpiewaka W 1855, po zwiedzeniu Włoch, Szubert zamieszkał w pałacu austriackiej ambasady na Piazza di Venezia w Rzymie, gdzie mieściła się też jego pracownia. Wcześniej była to pracownia Antonio Canovy – czołowego przedstawiciela klasycyzmu w rzeźbie włoskiej.