Wyspiański kształcił się w gimnazjum św. Anny w Krakowie, gdzie wykłady odbywały się w języku polskim, a dużą uwagę przywiązywano do nauki historii Polski i historii literatury polskiej. Podczas nauki w gimnazjum św. Anny opanował też grekę i łacinę. Nie wyróżniał się pod względem ocen, lecz egzaminy maturalne zdał wzorowo. W czasie pobytu w szkole nawiązał koleżeńskie stosunki z Józefem Mehofferem, Lucjanem Rydlem, Stanisławem Estreicherem, Henrykiem Opieńskim i Jerzym Żuławskim. thumb|Stanisław Wyspiański z przyjaciółmi. Fotografia z 1893 roku. Stoją: Stanisław Wyspiański, Lucjan Rydel, Karol Zyndram Maszkowski. Siedzą: Stanisław Estreicher i Henryk Opieński W 1887, po złożeniu egzaminów maturalnych, zapisał się na wydział filozoficzny Uniwersytetu Jagiellońskiego, gdzie w latach 1887–1890 i 1896–1897 uczęszczał na wykłady z historii, historii sztuki i literatury, i rozpoczął studia malarskie w Szkole Sztuk Pięknych w Krakowie, której dyrektorem był w tym czasie Jan Matejko. Jako wyróżniającemu się uczniowi powierzył mu współudział w wykonaniu zaprojektowanej przez siebie polichromii w odnawianym kościele Mariackim.