W 1886 roku Ekielski uzyskał uprawnienia budowlane i rozpoczął działalność dydaktyczną jako wykładowca w Miejskiej Szkole Przemysłu Artystycznego. Prowadził również zajęcia z rysunku w Wyższej Szkole Przemysłowej.
Stworzył projekt domu przy ulicy Piłsudskiego 14. Zaprojektował kamienice przy ulicy Karmelickiej 42, Studenckiej 14, Szpitalnej 4, Grodzkiej 26 i dom własny przy ulicy Piłsudskiego 40 zwany domem o dwóch frontonach. Jego autorstwa jest również wzniesiona w 1903 roku willa Julia.
Prowadził prace architektoniczne przy budowie pomnika Adama Mickiewicza na krakowskim Rynku. Dokończył budowę Nowej Synagogi w Tarnowie, zaprojektowanej w stylu mauretańskim. W trakcie prowadzonych od 1895 prac renowacyjnych przy prezbiterium i nawie krzyżowej kościoła oo. Franciszkanów w Krakowie dokonał odkryć pierwotnego planu budowli. Wykonanie polichromii wnętrza świątyni zaproponował Stanisławowi WyspiańskiemuBogusław Krasnowolski. Stanisław Wyspiański a zabytki Krakowa. „Alma Mater” 97/2007, s. 26–28..