Dopasowanie sekwencji, uliniowienie sekwencji – sposób dopasowania sekwencji nukleotydów w kwasach nukleinowych lub sekwencji aminokwasów w białkach w celu identyfikacji rejonów wykazujących podobieństwo, będący konsekwencją funkcjonalnych, strukturalnych lub ewolucyjnych powiązań między sekwencjami. Zestawione sekwencje są zwykle przedstawiane jako wiersze macierzy. Między reszty wprowadza się przerwy w taki sposób, że reszty zbliżonych do siebie sekwencji tworzą kolejne kolumny.
frame|center|Dopasowanie sekwencji, za pomocą programu ClustalW, dwóch ludzkich białek z motywem palca cynkowego
Jeśli dwie dopasowywane sekwencje mają wspólne pochodzenie, niedopasowania mogą być interpretowane jako mutacje punktowe, a przerwy jako mutacje polegające na delecji lub insercji, które zaszły w jednej lub obu liniach od czasu, kiedy obie sekwencje uległy rozdzieleniu. W przypadku dopasowywania sekwencji białek, stopień podobieństwa między aminokwasami zajmującymi konkretną pozycję, może stanowić zgrubną miarę tego, jak konserwatywny jest dany rejon lub motyw. Brak substytucji lub obecność jedynie konserwatywnych substytucji (to znaczy zamiany reszty na inną, ale o podobnych właściwościach chemicznych) w określonym rejonie sekwencji sugeruje, że jest on ważny strukturalnie lub funkcjonalnie.