Twórczość Malował obrazy przedstawiające wydarzenia historyczne jak Przysięga Kościuszki na rynku w Krakowie, Wjazd księcia Józefa Poniatowskiego do Krakowa w roku 1809, sceny rodzajowe, portrety, obrazy religijne, jak stacje drogi krzyżowej przy klasztorze Reformatów w Krakowie i dwa obrazy ołtarzy bocznych w kościele w Jangrocie. W 1816 otrzymał zamówienie od biskupa Jana Pawła Woronicza na malowidła ścienne w Pałacu Biskupim w Krakowie, które ukończył dwa lata później (uległy zniszczeniu podczas pożaru pałacu w 1850). W 1818 wykonał kopie rysunków grobów na Wawelu, które Sebastian Alojzy Sierakowski przesłał wraz z dedykacją prezesowi Komisji Rządowej Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego Stanisławowi Kostce PotockiemuMichał Rożek: Groby królewskie w Krakowie. Kraków 1977, s. 12.. Na zlecenie Sierakowskiego od 1820 przez rok tworzył dekorację auli Collegium Maius Uniwersytetu Jagiellońskiego, które przedstawiały dzieje uczelni. Michał Stachowicz był również litografem i ilustratorem między innymi do Monumenta regum Poloniae Cracoviensia, zajmował się również akwafortą.