W czasie wojny ksiądz Michał Sopoćko pomagał w ratowaniu około stu Żydów, czym naraził się NiemcomJulitta Tryk: Uczcić ks. Sopoćkę, który ratował Żydów, „Kurier Wileński” 28.09.2012.. W 1942 musiał opuścić Wilno. Jeszcze przed wojną utrzymywał kontakty z Urszulą Ledóchowską, która była przełożoną zakonu urszulanek, teraz siostry pomogły mu znaleźć schronienie. Do roku 1944 przebywał w Czarnym Borze (teraz małe miasteczko w pobliżu Wilna) w istniejącym do czasów współczesnych domu (nazywanym "Opatrzność) u Felicji Węsławowicz.
Sopoćko doprowadził do namalowania obrazu Jezusa Miłosiernego „Jezu ufam Tobie” według wskazówek siostry Faustyny oraz do jego publicznego wystawienia w Ostrej Bramie. Pomagał również w rozpowszechnieniu broszur z reprodukcją obrazuFaustyna Kowalska, Dzienniczek, Warszawa 1999, s. 487.. Autor wielu publikacji poświęconych dobroci Jezusa, w tym trzytomowej – Miłosierdzie Boga w dziełach JegoBiblioteka UAM.
Był założycielem zgromadzenia zakonnego Sióstr Jezusa Miłosiernego (1941).
Ostatnie chwile Zmarł 15 lutego 1975 w Białymstoku i pogrzebany został na cmentarzu parafii Wniebowzięcia NMP w Białymstoku. 30 listopada 1988 dokonano ekshumacji zwłok ks. Michała Sopoćki.